Η περίοδος της Ενετοκρατίας άφησε ανεξίτηλη τη σφραγίδα της και στα αστικά μνημεία του Ηρακλείου. Ένα από τα χαρακτηριστικότερα αρχιτεκτονικά τεκμήρια της εποχής παραμένει η Βασιλική του Αγίου Μάρκου που δεσπόζει στο ιστορικό κέντρο της πόλης, με την επιβλητικότητά της.

Και όμως, ο φωτογραφικός φακός κατέγραψε τα σημάδια του χρόνου στις εξωτερικές κολώνες του οικοδομήματος, όπου έχει υπάρξει φθορά που θα έπρεπε άμεσα να επισκευαστεί.

Η βασιλική του Αγίου Μάρκου ανεγέρθηκε το 1239, λίγα μόλις χρόνια μετά την έλευση των Ενετών στην Κάντια και αποτελούσε το νοητό σύνορο της Piazza delle Biade και της ομώνυμης πλατείας του Αγίου Μάρκου στο κέντρο της πόλης. Ήταν τρίκλιτη βασιλική με ξύλινη στέγη και ψηλό κωδωνοστάσιο με ρολόι.

Τον 20ο αιώνα ανακαινίστηκε από την Εταιρεία Κρητικών Ιστορικών Μελετών, στην αρχική της μορφή με κιονωτό προστώο, όπως αναφέρει χαρακτηριστικά ο εξαίρετος Στέργιος Σπανάκης.

Μπροστά στην είσοδο του Αγίου Μάρκου γνωστοποιούνταν στους κατοίκους της Κάντιας τα δουκικά διατάγματα και από εκεί ξεκινούσαν οι μεγάλες λιτανείες. Λέγεται ότι οι κίονες του προήλθαν από τα ελληνορωμαϊκά κατάλοιπα της Κνωσού. Το 1303 καταστράφηκε από σεισμό και ανοικοδομήθηκε. Στην περίοδο της τουρκοκρατίας λειτουργούσε ως τζαμί, αφού προηγουμένως οι Τούρκοι κατεδάφισαν το κωδωνοστάσιο. Μετά την Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα, ο Άγιος Μάρκος πέρασε στη δημόσια περιουσία και παραχωρήθηκε στο Δήμο Ηρακλείου, αρχική πρόθεση του οποίου ήταν να εγκαταστήσει εκεί Δημοτικό Θέατρο.

Από το 1956, οπότε και ανακαινίστηκε, χρησιμοποιείται για τη διοργάνωση εκθέσεων, διαλέξεων και άλλων σημαντικών εκδηλώσεων.